構造生物学どうよ part4

1 ：10/12/17 〜 最終レス ：11/11/11

構造生物学に関してマターリ語り合いましょう。
過去スレ
構造生物学どうよ part3 http://kamome.2ch.net/test/read.cgi/life/1245848424/
構造生物学どうよ part2 http://science6.2ch.net/test/read.cgi/life/1160496782/
構造生物学どうよ http://science4.2ch.net/test/read.cgi/life/1065960303/

2 ：

せっかく立ったんだから使おうぜ

3 ：

どうなの?

4 ：

どうって言われても…

5 ：

良い結晶が取れれば、論文本数的においしい分野
　結晶が取れなければ、、、
　あ〜、なんだ。そう、きっと一年くらい待てば結晶化するさｗ
ぶっちゃけ単純作業なので、あんまり、教育的に良い分野とは思えない。
　小規模なラボにとってはギャンブル要素が強すぎるし、
　大規模なところは複数のタンパク並行＆ロボットでスクリーニングで論文量産ライン
ちなみに阿漕な出し方をすれば↓みたいな感じで増やせる。
　・結晶が出来た段階で一本
　・取りあえずX線あてて、構造ちゃんと解く前に一本
　・ちゃんと構造解いてから一本
　・生物学的意義とかの味付けをして一本
　（最後の段階以外は研究してる感がまったく無いです。）

6 ：

>>5
acta f→acta f→jmb→bbrcじゃまったく意味ないな
数だけ増やしてもしょうがないでしょ
最近の流れは簡単な水溶性タンパクじゃなくて難しいのでしょ
今日日複合体なり膜タンパクなりじゃないと大した成果にならないよ

7 ：

難しいだけで役に立たない成果だけどな
だから金がおりない
予算がつかない
意味不明のこじつけで意義を見出そうとして
結果報告でブーイングの嵐だよ
もはや構造解析は縮小傾向に歯止めが付かない状態

8 ：

臓器再生とか老化防止に役立つようなプロテインの研究なら、いくらでも予算付くだろ。
国民老化で今の国家予算は破綻寸前なのだから。
もっと情熱的に研究しないとだめだね。

9 ：

東京大学 大学院理学系研究科生物科学専攻、浜地貴志の暴言
http://togetter.com/li/82951
http://twitter.com/thinkeroid
http://d.hatena.ne.jp/extinx0109y/about

10 ：

植物スレでやれ

11 ：

濡木
栗栖

12 ：

結晶構造解かなきゃ解決しなかった問題って何があるの？
前スレでも質問出てたけど、質問に逆ギレしてその勢いでごまかそうとしてた。
構造からダイレクトに創薬とかに繋がってる？
細胞の中だとタンパク質ってかなりゆらぎを持って存在してると思うんだけど
カッチリ結晶化させた状態ってどれくらい生体内を反映してるものなの？
タンパク3000って非難轟々で終わったけど、ポスドクが大量に無駄死した割に成果が上がらないことが
問題視されたの？それとも構造解いたけど役に立たなかったこと？3000の中身が人からバクテリアまで
ごっちゃで、ミューテーション入れただけのものもカウントに入れて水増ししたこと？

13 ：

>>12
つながってないわな。
分子標的薬の中に、構造をスタートにしてできたものなんてないと思う。
細胞生物学の教科書に、BCR-ABLにグリベックがはさまってる構造の絵が
載っていたりするけど、グリベックは純粋にキナーゼ阻害剤として開発されたもので、
共結晶の構造が解かれたのなんてずっと後のこと。
だから「現実に役立っている」というのはウソ。
今後役に立つ可能性はあると思うし、基礎研究としては推進するべきだとは思うけど、
タンパク３０００からターゲットタンパクというような大きなプロジェクトは
もうやめるべきだと思う。

14 ：

役に立たないのに、なんで構造からノーベル賞がたくさんでてるの？

15 ：

構造だけでノーベル賞獲った人はいないよ。
EMBO journalは構造の論文を大量に載せざるを得ない状況に陥ってIF
ガンガン下がった。Nature structual Biologyも構造中心だとやばいと
気がついてあっさりタイトル変えて方向転換した。
構造解析が全く無駄とは思わないけど、構造を解くことで初めて理解で
きた事象とか超効率的な創薬の成功例とかを分かりやすくアピール、
解説してほしい。使った資金、人的資源に見合ってたのかどうかも含めて。

16 ：

>>6
＞数だけ増やしても
まぁ、その通りなんだけど、
　構造屋さんが境界領域に進出してきて、
　過大評価されてたりすることがあるんでね。
　（興味の無いジャーナルのIFなんて一々チェックしないし・・・）
>>12
＞結晶構造≠生体内構造
大賛成。
結晶になってる時点で生体内と同じはずが無い。
　・GFPとかバレルだらけで堅いやつら、
　・生理条件下で阻害作用のある物質との、共結晶（の結合部位）
以外の情報は、基本眉唾だと思って見てる。

17 ：

>>15
いくらなんでもそれは嘘だろ

18 ：

俺は今やっている膜たんぱく質の構造、死ぬほど知りたいけどな
死ぬまでには明らかになるのかな…

19 ：

構造がわかって、その後どうする？
Figureがひとつ増えて、おしまい？

20 ：

そもそも科学の実験というものは、あることを調べるために理想的な状態を作り出してやるものなわけで、
結晶構造≠生体内構造
とか言ってるやつは馬鹿だとしか思えない。

21 ：

>>15
じゃあ、ミオグロビンやカリウムチャネルの構造解析のノーベル賞は
構造決めたこと自体でなくどこが評価されたの？

22 ：

>>20
生物板には
タンパク３０００（と横山）が嫌いだ→構造生物学が嫌いだ
というバカが居るようにみえる

23 ：

>>20
いや、理想的な条件にしてる時点で、生体内と条件違うんだから
「結晶構造≠生体内構造」でしょう。
結晶構造は、結晶化条件での構造にしか過ぎないんだから。
　（生理条件で認められないホモ〜〜量体になったり、
　　隣と相互作用したりしてるのをそのまま信用出来ないよ）
構造に意味があるかどうかは、他の生化学実験とかで裏づけを積み上げればいいこと。
構造生物学の怖いところは、視覚的にインパクトがあり過ぎるせいで、
　『結晶構造＝生体内構造』
と思い込んでしまうところだと思う。
>>18
おれも自分のタンパクの構造知りたい
（出来れば共結晶で・・・）
>>19
カラーのfig一枚増加はかなり嬉しいｗ（冗談ですよ）
構造をどう生かすかは本人しだいでしょ
>>22
成果はともかく、タンパク３０００は結構好きだよ。
短期集中でやるんじゃなくて、基礎研究として息の長いプロジェクトでやって欲しかった

24 ：

てか、構造生物学もポスドクというかピペドが余りまくっているよね。
他の生物系と同じく、悲惨だよな。

25 ：

構造屋が一番余ってるだろｗ
まあ他の生物系よりも潰しは効きそうだけどな

26 ：

>>25
> まあ他の生物系よりも潰しは効きそうだけどな
(´･ω｀･)ｴｯ?

27 ：

タンパク3000終了で大量解雇されたポスドクたちの半分以上が再就職先ないって
ニュースになってたな。三菱生命研の閉鎖ニュースと時期が近くて、セットで印象に残ってる。
どこに消えていったんだろう？

28 ：

Ｂ３で構造生物学やってる研究室行こうと思ってるけど
創薬にはあまり役に立ってないのか

29 ：

>>28
今は役に立ってないよ。将来どうかは知らない。
過剰にポジティブな意見にも、過剰にネガティブな意見にも気をつけなさい。
いずれにしても、早く自分の頭で考えられる（状況を理解できる）
ようになるこった。

30 ：

>>27
理研GSC終了のときにもだいぶクビになったのが居たな。
とりあえず、（ほぼ）みんな何がしかの職にはついてるんだけどね。
アメリカの会社に行ったのもいた。
学部から東大出身も多いから、口や頭はよく回るし、何とかなるんだよ。

31 ：

>>30
ロンダ組のことも忘れないで下さいw

32 ：

卒論とか修論の発表会を見に行けばいいよね
「２年間がんばって結晶を作ろうとしますた！（でも上手くいきませんでした）」
とかのガッカリ発表を見てから考えた方がいい。

33 ：

>>32
見てて切なくなるよなぁ。。。
結晶屋さんになった友人曰く
「結晶化は、世の儚さとか、諸行無常を感じるための作業だ。座禅みたいなものだ。」
だそうな。。。
>>28
何か特殊な手法とか持ってるラボじゃないと微妙だと思う。
普通の可溶性タンパクの結晶作って、
　X線当てて構造解くようなのは、もう実験というより作業
　ビームライン占有してるような有名ラボじゃない限り、人生の無駄使いだと思う。

34 ：

>>28
創薬に役立ってるかと言われると、
　一時期期待されてたほどには、SBDDは役に立ってない。
けど、共結晶の情報から類似物質をスクリーニングするときに多少役立ってはいる
　こいつは入らないだろ？って化合物をスクリーニング対象から外したり。。。
　（まぁ、悩むぐらいならスクリーニングにまわしたほうが早いし、
　　　新しい作用機序で阻害するかもしれないし、微妙なんじゃないかと思うこともあるけど）
現状はそんな感じだと思うけど、
　１．｢今そんなに役に立ってない⇒悲観｣
　２．｢今そんなに役に立ってない⇒将来発展性がある｣
　３．｢今そんなに役に立ってない⇒新しく切り開けば、俺ヒーロー!!｣
どういう風に考えるかは、個々人の性格によると思う。

35 ：

構造部門の縮小は濃厚か

36 ：

一時的に盛り上がり過ぎただけじゃない？

37 ：

盛り上がってはいない。お金があるからそれに群がっただけ。
目利きのできないカスポス毒の一掃には大きく貢献した。

38 ：

>>16
つまり君は自然観察以外のあらゆる科学を否定するわけかい？
そもそも観測って何だよ？　多かれ少なかれ働きかけをしなければ観測できないよ。
光子一つ当てずに何が分かるんだい？

39 ：

量子論的極論をを展開されましてもｗ

40 ：

バイオインフォ、システムバイオ、構造バイオはやってる人たちは真剣なんだけど
それ以外の生命科学分野との距離がありすぎて理解されてないだけじゃないかとも思うよ。
バイオインフォ　→　このれらのSNPsは肺癌のリスクが1.2倍になります。　
システムバイオ　→　シグナル伝達のロバスト、ノイズ耐性、非線形性が重要。
構造バイオ　　　→　構造解いたよー。
と言われても次の展開がさっぱりわからないのが普通の研究分野の人たちじゃない？

41 ：

ぐぅの音も出なくなっちゃった？

42 ：

21 ：名無しゲノムのクローンさん：2011/01/05(水) 08:42:57
>>15
じゃあ、ミオグロビンやカリウムチャネルの構造解析のノーベル賞は
構造決めたこと自体でなくどこが評価されたの？

43 ：

すいませんでした。
構造やってる限り、研究は安泰だよね。

44 ：

相手にする価値ないほど馬鹿だから流してるんだよ。
実験データの適切な評価というものを理解してない奴が構造生物学批判とか痛すぎるだろ。

45 ：

結晶構造分かればすべてが分かるってか

46 ：

構造さえ分かれば、たいていの機能は予測できます。
しかしそれでは構造解析のスキルがない生化学者は置いて行かれるので、構造を親の敵のように叩きます（参禅を叩いている人に構造解析が出来る人が一人でもいますか？）。
一番を目指すと叱られる世知辛い世の中ですが、怠けていると碌なことになりませんね。

47 ：

＞構造からダイレクトに創薬とかに繋がってる？
これの答えは？
生化学的に機能が明らかになってる分子の構造解析して機能予測しなおしてるのか？
全く未知の（1次構造から機能予測できない）分子の機能予測できる？
糖鎖とかの分子修飾は構造解析の時どこにいっちゃうの？

48 ：

遺伝学屋から見れば生化学も構造もどっちも尊敬してますよ
ま、大事な遺伝子取ってくるのは俺らだけど

49 ：

構造屋が好きとか嫌いとかじゃなくて、目に分かる形で役に立ってることを
いくつか例を上げて説明して欲しいの。高分子有機化合物なら全合成するときの
スタンダードになったり、生理活性のある立体配座の決定に大事でしょ。
そんな感じで。

50 ：

役に立たんならだれもやらん罠ｗ
他の分野に文句垂れてるような奴はどうせ大成しないよ。
必要なら勉強して何にでも手を出すでしょ、まともな研究者なら。
実際自分のところで構造やるようになった分子生物学・生化学系ラボも結構見かけるし。
実験施設も、ソフトも、以前よりずっと簡単に使えるようになってんのに手を出さないのはもったいないよ。

51 ：

具体的な話を期待されると沈黙しちゃうのな

52 ：

もう成長が止まっている人なんだろうね。
ちょっと調べれば分かることをここで聞いたり、普通なら自分でもこの手法で何か面白いことが
できないか考えるところなのに、このザマでは、引退した方がいいと思うよ。

53 ：

Molecular Biology of the Cellでもパラパラ見れ
構造なしには明快に説明できなかったことがどれだけあるかすぐに分かるはず

54 ：

＞役に立たんならだれもやらん罠ｗ
世の中の研究の大半ディスってんの？
学位取るためだけになら役に立ってるのかもしれんが。

55 ：

>>50
役に立つという言葉をどういうレベルで捉えるかは人によるけど、
「基礎的な研究者の役に立つ」という意味ではないと思うよ。
で、そういう質問をしている人が「役に立たないからやめろ」と言っている訳でもない。
たんに「現実的に役立っている例があるか」を聞いているだけ。
自分の答えは「役立ってない」と思う。
でもだからといって、意味が無いとは思わない。
基礎研究は大事だと思うし、将来本当に役立つかもしれない。
個人的には「何の役にも立ちそうにない研究」の方がむしろ好き。
たださあ、現時点で役立ってないという事実は同時に認めるべきじゃないの？

56 ：

>>55
コレに対してはどう反論するんだ？
http://en.wikipedia.org/wiki/Drug_design

57 ：

天然物から大規模スクリーニングするのと構造予測でデザインするのとでは
前者のほうが遥かに成績いいんだぜ。
それでも構造解析はやっぱり大事だよ。ロドプシンの光受容のメカニズムは
立体構造自体の変化が利いてるし、それは立体構造解析なしでは説明できないだろ。
構造解析アレルギーは多分”結晶化”が生理条件と違うのが受け入れがたいんだろう。
でもいまは水溶液状態でNMR掛けて、構造のゆらぎを含めての解析もできるんだ。
あと、ロドプシンみたいに構造変化自体が機能発現の根底にあるようなものじゃないと
やる意味が見出しにくいっていうのもあるんでしょ。キナーゼ活性とかなら立体構造よりも
一次構造と生化学反応のほうが本質的だしな。

58 ：

たしかにキナーゼの構造解析をしてる連中はすべからく馬鹿だと思う

59 ：

「すべからくの」用法が間違っているぞ。

60 ：

はがないかよｗ

61 ：

結晶関係のベンチャーって儲かってるの？

62 ：

潰れまくりだよｗ

63 ：

結晶化の特別な技術を持たないラボは、衰退していくだろうね。マンパワーとコスト勝負だと中国に全部持っていかれるのは必至。

64 ：

それ科学全般どころか製造業も。

65 ：

でも、結晶化のベンチャーって給料は凄くいいんだぜ・・・

66 ：

>>57
創薬でもいろんな段階があるでしょ。
リード探しは確かに化合物をスクリーニングするほうがいいけど、それだけで終わりじゃないし。
延々と沢山の誘導体とタンパク質の複合体結晶のデータ取りとかやってるよ。

67 ：

>>65
黒字出してるベンチャーなんてどれだけあるだろう？
最終的には会社潰しても起業とかマネジメントとかの経験があるからどっかで働けるだろう、って感じじゃないのｗ
・・・ってかベンチャーって大学のポスト取れて安泰な人がやってるんだっけ？

68 ：

>>58
とりあえず、共同研究の依頼が来て欲しくないタンパク質をリストアップしていこうかｗ

69 ：

それが赤字でも高給取りなんだぜｗ

70 ：

>天然物から大規模スクリーニングするのと構造予測でデザインするのとでは
>前者のほうが遥かに成績いいんだぜ。
つまり、役立つ場合もあるってことだな。

71 ：

>>69
それ淡白３０００とかが外注するからだろw
あ、今はなんとか３００だっけ。

72 ：

会社が赤字でも役員が給料いっぱいもらうのはどこでも一緒だお。
銀行が融資を続けてくれて資金が循環している限りはそれでもOKなんだお。

73 ：

しかも株式会社にすれば、出資（株を買う）した以上の責任はないんじゃなかったっけ？
よほど違法なことでもやって会社に損害を与えたりしない限りね。

74 ：

>>70
>>天然物から大規模スクリーニングするのと構造予測でデザインするのとでは
>>前者のほうが遥かに成績いいんだぜ。
>つまり、役立つ場合もあるってことだな。
おまえはもうちょっと文章を読む癖をつけたほうがいい。

75 ：

細胞の分子生物学は、粒を見て
ない構造は、より多くの人々はすぐに説明することができない方法を明確に明らかにする必要がある場合

76 ：

GK研の准教授はダイニンの人かよ。構造じゃないじゃん。
蛋白研で、しかも結晶ラボで構造の人が准教授に成れなかったら
ガチで構造やってる助教はどこに応募すればいいっちゅうねん。

77 ：

>>76
んなもん、現在は構造やってないけど興味はある生化学の研究室とかに
「貴研究室のタンパク使って構造生物学をヤリタイです」とか言って応募すりゃイイんじゃね？

78 ：

ポスドクならそれもありだけど、准教授は無理だろう。
テニュトラの面子見ても蛋白研はもうガチガチの構造屋は取る気ないみたいだ。はぁ。

79 ：

>>74
どこがおかしいのかさっぱりわからないんだけど。

80 ：

>>79
多分、そのレスは構造解析が役に立つ具体例を挙げてくれてるレスに
猛犬チワワの如く噛み付いてるのを窘めてる。
てゆうか、もうそいつ”役に立つかどうか”の下限が限りなく低くなってる。
自信なくしちゃったのか？

81 ：

もう一度菊が、コレに対してはどう反論するんだ？
http://en.wikipedia.org/wiki/Drug_design

82 ：

>>81
SBDDに関して、そういう学問分野や考え方があって、
　一定のリーズナブルな説明を出来る手法だと言う点は、多分みんな同意してくれると思う。
ただ、現状では
　・いまいち予測と結果が一致しない事が多い
　・新規探索だと>34の言うように、総当りのほうが良い。
　　　（やっぱり新しい作用機序を期待するので。）
　・共結晶の低分子をリード化合物にする場合は多少役に立つ
って感じ。
データのまとめとか、今後の指針の説明には「後付で」使うけど、
　基本はロバストな活性評価系でひたすらロボちゃんにスクリーニングしてもらうので・・・

83 ：

NMRはどう役に立つのですかｗ

84 ：

>>81
お前の主張がよくわからん。
構造だけでのドラッグデザインでの成果とは言わないから構造の貢献が大きい例を持って来いよ。
imatinibとかケミカルスクリーニングの賜物だ。構造も貢献はしてるのは否定しないよ。
ドラッグデザインで創薬設計と効果のスクリーニングの時のパラメータの一つとして構造を
見てるのは解ってるよ。でも構造がなきゃ話が進まないわけじゃない。
逆に構造でバッチリのデザインのinhibitorの大半が効果薄かったり特異性なかったり予想外の分子
に効果あったりで、そのおかげで細胞に振り掛ける程度には使えるinhibitorが偶然見つかるのには
感謝してるわ。アルファベットと番号だけの味気ない名前が残念だけど。
>>83
低分子有機化合物とかでは分子構造決めるのに大活躍よ。無きゃとても困るよ。

85 ：

>>81
既に上にもいろいろ書かれているけど、自分も少しかいておく。
そのページの下の方の「Examples」という所にイマチニブ（グリベック）が書かれている。
でも、グリベックは「いくつかのチロシンキナーゼを抑制する阻害剤」
として生化学的な解析から開発が進められたもの。
実際、チバガイギー（現ノバルティス）が出してた論文ではPDGF受容体とかもよく抑えてたし、
最近ではCMLだけでなく、ABLと関係のないGISTとかへの適用拡大も進められてるはず。
構造が議論されるようになったのは、CML治療での耐性の問題が言われるようになってから。
構造のデータは無くてもFDAは認可していただろうし、
上でも書かれているように「後付け」なんだよ。

86 ：

続き
構造解析に意味が無い訳でなく、
現時点で薬の開発に貢献している例もあるよ。
実際に薬になっていないケースも含めたらもっといろいろあるのだろうし、
将来もっとポピュラーになってゆくかもしれない。
だから基礎研究としては、自分は否定しない。
たださ、ここでいろいろ言われているのは、
「実際に役立った（薬になった）例はなに？」ってこと。
構造ベースにスクリーニングして、ブロックバスターになった例を
一つでも挙げれば良いんだよ。
そんなのないけどさ。

87 ：

生命の仕組みの解明に貢献しているんだから、それに乗っかってる製薬に直接貢献しようがしまいがどうでもいいんじゃない？

88 ：

>>87
話の流れくらい読みなよ。
あと「基礎研究としては否定しない」って書いてるでしょ。

89 ：

>>87
もう一つ書いておくと、
製薬はそれにのっかってないと思うよ。
ゼロとは言わないけど。
逆に聞くと、のっかってる例はなに？

90 ：

流れ？
アンチ構造生物な奴が論破されて、苦し紛れに >>70 に絡んで
（自作自演じゃないかという気もするが）、話を無理やり勝手に
創薬に絞ったっていう流れですかｗ
あのさー、人がいなくなったのを見計らってネガティブなコメントで
上の書き込みを押し流そうとかそういうー辞めろよ。

91 ：

古くはDNAの相補的二重らせん構造までさかのぼれるなぁ。

92 ：

>>90
アンチアンチ構造生物が黙るような、構造生物マンセーな例を２，３出せばいいのよ。
苦し紛れに逆ギレするなよ。
>>91
釣り針が大きすぎるわw

93 ：

>もう一度菊が、コレに対してはどう反論するんだ？
>http://en.wikipedia.org/wiki/Drug_design
>話を無理やり勝手に創薬に絞ったっていう流れですかｗ
タンパク構造解析が役に立ってる例出せよ→Drug design　←　話を”無理やり”、”勝手に”、創薬に絞ってないよね？

94 ：

それ、俺じゃないし。
それを選んで粘着してるだけじゃん。

95 ：

基地外にエサやりすぎ

96 ：

>>94
お前限定で議論すすめるからコテ付けてくれ

97 ：

＞94
じゃあおまえは何の例も出さずにアンチ構造を煽ってるだけなのか？

98 ：

結局は「役に立つ」という言葉の基準の違いだろ。
基礎研究として追究することに異論のある人は少ないだろうし、
一方で、分子標的薬の開発に現時点で「必須の技術」とは言えないのも事実。
ただ、構造のプロジェクト研究にかなり多額のお金が流れてることを考えると、
「役に立つ」の基準が厳しくなるのは仕方ないんじゃないかな。

99 ：

嫌だよ、クソ忙しいのに、Cellも読まないぐうたらなアンチ構造のお守なんてｗ
上の真面目な書き込みひとつひとつに誠意をもってレスしろよ。

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