【生物】ウイルスは生物か；巨大ウイルスの研究から

1 ：2012/09/30 〜 最終レス ：2012/10/21

巨大ウイルスは細胞性の生物と共存し、古細菌（アーキア）、細菌（バクテリア）、真核生物とは異なるスーパーグループを形成している
BMC Evolutionary Biology 2012, 12:156 doi:10.1186/1471-2148-12-156
(ものすごくざっくり：ウイルスは生物ではないことになっているが、巨大ウイルスの研究からは、実はウイルスも系統樹の中で4つ目の上界として生物に分類されるべきだ、という主張)
背景
細胞性生物に匹敵する粒子の大きさやゲノムサイズ、DNA翻訳機構を持つ巨大ウイルスが発見され、またこれにウイルス寄生物(virophage)までも発見されていることよりその起源については考えさせられべきものがある。
ウイルスは明らかに生命の古い形であり、系統樹に組み入れられるべきものであろう。
結果
細胞生物と巨大ウイルス(DNA2重らせんと中〜超大型プロテオームを持つ)の、プロテオーム(どんな種類の蛋白質を持つか)やタンパクドメインの進化を比較して系統樹を再構築してみた。
プロテオームの系統樹では、ウイルスは古細菌、細菌、真核生物に次ぐ「第4の上位群」あるいは上位界ということになる。ドメインの系統樹からは、ウイルスは原始的で圧倒的な縮小が進化の過程に起こっていることになる。
巨大ウイルスには発現しないタンパク質ドメインが相当数含まれ、寄生性細胞性プロテオームとウイルス性プロテオームは比肩すべきゲノム的、構造的多様性をもつ。
さらにウイルスのドメインは細胞性生物内に広く存在することから、ウイルスは細胞生物間での遺伝子の受け渡しを担い、生物多様性に重大な役割を果たしたのではないか。
結論
これらよりウイルスの位置付けを再考する必要がある。ウイルスは、以前存在したあるいは共存する生命の別の形と考えることができ、生物圏の中で重大な役割を担っているかもしれない。
(訳：とうやこちょう)
ソース
http://www.biomedcentral.com/1471-2148/12/156/abstract
解説(英語)
http://www.sciencedaily.com/releases/2012/09/120913123520.htm
解説(日本語);状況の細かい解説付きです。
http://blog.livedoor.jp/xcrex/archives/65709012.html
http://shinka3.exblog.jp/18493096

2 ：

3 ：

生物工学の所産の物体ではあるよね
非生物、ってのも何だかなあ
イメージとして「生物に至っていない出来損ないの半生物」って感じ

4 ：

We 留守

5 ：

ウィルス進化論
あれどうなった
ゲノムの受け渡しをやってるとか言う話だが
とにかくまだわからん事多い
セントラルドグマの総合説も崩壊しそうだし
トンデモ理論もこれからも色々出そう

6 ：

寄生分子界でええやろ

7 ：

ウィルスなら宇宙旅行しても結構遠くまでいけるんやないのか？

8 ：

どこからどこまでを生物かなんて
哲学か宗教の領域。

9 ：

恣意的ではあるが哲学でも宗教でもない
分類がある以上はどっかで線を引かざるを得ないってだけのこと

10 ：

古い形の生命？？？
生命と持つとして、新たな分類するのは別にいいと思うけども。
ウィルスは、自己複製ができず、他の生きた細胞に寄生して増える。
先に、他の生命が存在していないと、生まれないと思うが。。。
�@他の生命が生まれ、しばらくしてからウィルスも発生
�A他の生命とウィルスは同時発生
�B他の生命が生まれ、その一部が退化して、ウィルスになった
位しか、思いつかんが。。。

11 ：

どうでもいいわ

12 ：

自ら己のコピーを作れない
物は生物として認められん

13 ：

>>10
最初期に他の系統から分化して今は寄生生活者しかいない系統の生物群だと考えればいいんじゃないか。
おそらく複製装置の完成すら分岐後なのかもしれないけど。

14 ：

コンピューターウイルスは生物か否か

15 ：

出現の順序として
ウィルス→生物(単細胞生物)ってのは無いんだよね
他の生物の中でしか存在できないのがウィルスだから
ミトコンドリアとか葉緑体と一緒で
元々別個の細胞生物が他の細胞生物内に寄生しているうちに
ＲＮＡやらＤＮＡ(とその保管容器)だけ残ってしまった
単細胞生物の残存物、で良いのかな？

16 ：

>>12
Rの俺のことか？

17 ：

最初に誕生した生物はDNAじゃなくRNAを遺伝子として使っていたと考えられている。
ウィルスの遺伝子もRNAだから「古い生物」の特徴を受け継いでいるとされてるんだよ。

18 ：

>>10
いや、コピー機能だけもつウィルスというかヒモの断片と
適当な基質さえあればいいだけじゃないのか？

19 ：

生物と非生物の線引きは難しいな

20 ：

T2ファージを見た時の衝撃は今でも忘れない

21 ：

分けるなら上界のもう一つ上（大界？）だろ

22 ：

日本のウィルスのミンス売国政党のみなさんも
一応生物なんだから、
ウィルスは生物でおｋぢゃね？

23 ：

もともと生物兵器みたいな生物がいて
必要の無い機能がなくなっていったとかか

24 ：

核すらない異常タンパク質＝プリオンはどうなんの？
ただのたんぱく質だぞあれ

25 ：

>>22
お前みたいなどこにでも政治を持ち込む奴もウィルスみたいなものだな

26 ：

たとえばミトコンドリアと比較してみる。
もともと独立した生物だったものが、他の生物にとっても有用な機能を持っていたために
取り込まれて共生し、その一部として生きていくことになった。
ウィルスは有用どころかむしろ害になるものだったので、取り込まれることはなかった。
でも、ある意味では共生をしているわけだ。宿主にとっては「進化の速度を高める可能性がある」
くらいしかメリットがないけど。いわば細胞外共生。

27 ：

ウィルスが生物なら精子も生物だな

28 ：

ではプリオンとはなんぞや？

29 ：

精子は減数分裂してるからダメ

30 ：

何らかの習性をもっている時点で生物と思ってたけど、そうでもないのか。
なぜ何らかの目的を持って動くのか。不思議だ。

31 ：

プリオンはＲＮＡが作る短い誘導タンパクの類似形
因果律からセントラルドグマを壊せない

32 ：

>>16
お前は毎日数百万の己のコピーを生産しとろうが

33 ：

ゲノムのなかに、人類の祖先が4000万年以上前に感染ウイルスの遺伝子の一部が取り込まれているとかもあるけど
ttp://www.afpbb.com/article/life-culture/health/2680389/5133126

34 ：

>>31
ｗｗｗ

35 ：

ミトコンドリア

36 ：

生物じゃないでしょ。
ただ、遺伝子情報の入った物質がプカプカ浮遊しているだけで。
細胞がそれを見て、遺伝子情報を便りに材料は自前のものを使って、勝手に作って放出してるんでしょ。

37 ：

生物じゃないなら鉱物か？ 生物じゃない有機物か？

38 ：

>>1
デビルマンのデーモンを思い出した

39 ：

＞ウイルスは原始的で圧倒的な縮小が進化の過程に起こっている
昔はまともな生物だったが退化して今の形になった。でおけ？

40 ：

花瓶のかけらが花瓶でないように、生命のかけらも生命ではない

41 ：

生命の定義として「遺伝子orDNA?の器」という考え方が有りなら、
ウィルスも生命の有り様として「有り」なのかもね。
ウィルス---Wikipedia
ttp://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A6%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%B9
「ウイルスの起源にはいくつかの説があるが、
　トランスポゾンのような動く遺伝子をその起源とする説が有力である。」

42 ：

43 ：

>>5なーにを言ってんのｗｗばーかｗ

44 ：

ウイルスは火星人で、白亜紀に地球に来て反重力装置を作って
生物兵器たる恐竜を作って戦争の準備をしてたが
タイムトラベラーが反重力装置を壊したから、地球にとどまったんだよ。

45 ：

バクテリオファージなんかどう見ても生物に見えない

46 ：

>>15
＞出現の順序として
＞ウィルス→生物(単細胞生物)ってのは無いんだよね
＞他の生物の中でしか存在できないのがウィルスだから
いや、元々ウイルスは自己複製能力があったが、
彼らから生物が進化した後、寄生性に特化して単純化
結果的に今の体になったと考えれば、
ウィルス→生物(単細胞生物)もありえる。

47 ：

>>45
あれは機械だもん

48 ：

赤血球とウィルスは真逆？ｗ
細胞膜と細胞質があるけど、染色体ひいては遺伝物質が無い赤血球。もちろん増殖しない
細胞膜と細胞質がないけど、遺伝物質を持つウィルス。増殖専門
赤血球を乗っ取って、体中の勝手な場所で活性酸素をぶち撒けるウィルスというのが
生物兵器で出来たら怖いなあｗ

49 ：

>>13
寄生生活者以外の系統は何故滅んだのかについては見当付いてる？

50 ：

>>46
ウィルスの定義変えていいんだったら、人間→ウィルスって主張だってOKだろ。

51 ：

>>26
>ウィルスは有用どころかむしろ害になるものだったので、取り込まれることはなかった。
生物のDNAに取り込まれてんじゃないの？

52 ：

>>51
ミトコンドリアのような形では、ということね。

53 ：

＞ 古細菌、細菌、真核生物
この3つはある程度単系統であることが想定されているが
ウイルスは単系統かどうかも定かではない

54 ：

いちばん最初の自己複製分子は細胞膜を持ってなかったろうから、
現代のモノで喩えるなら、いちばん近いのがウイルスなのは確か。
自己複製分子の複製・変異・淘汰……で進化が起きて、
自分を覆う膜を作るという答を見つけた分子は存在・複製の効率が格段に向上した。
それが最初の細胞・最初の生命になったわけだが、
第１世代の自己複製分子は、その最初の生命に食い尽くされたはず。
細胞化した自己複製分子は、分裂やら共生やら多重化やらして複雑化した。
細胞内部でも核から外れたところで複製する分子器官があるが、
そういう分子が元の細胞の外で自己複製するようになったのが現生のウイルスで、
第１世代の自己複製分子との系譜は、遠い間接的関係しか無いだろう。

55 ：

>>48
ウイルスのほとんどは寄生細胞の遺伝物質に依存しているから
赤血球の中で繁殖するにはヘモグロビンを食うことに特化した細胞である必要があるかと。
マラリアやネコヘモプラズマはそういう病気だし。

56 ：

<丶｀∀´>　学術名　チョソ
二ホーンにゆすり、たかり、いいがかり
あらゆる嘘をつき寄生するウイルス（悪性）

57 ：

よし！

58 ：

>>49
おそらく自前の複製装置が未熟だったからだろうな、托卵する鳥が自分で孵卵するのがうまくないようなもんで。
そもそもウイルスが単系統だと言い切れてること自体意外だが。

59 ：

半年ぐらい前に大西洋あたりの深海掘って巨大なの取り出してやつか？

60 ：

>>58
特定の巨大ウイルスの一群に関しては単系統、ということなのだろうけど、
寄生による単純化でウイルスになった場合には細菌あたりの分類群に収まる可能性もありそうだが……とは思う

61 ：

ウィルスは旧神

62 ：

http://d.hatena.ne.jp/semi_colon/20110811/p1

63 ：

生物板に、「精子は生物か？」
というスレがあったな。
単体でクネクネ動くので生物っぽいが
１、精子の親は精子ではない(人間)
２、精子は子孫を残さない
から、生物としてあるべき根本的なものが欠損してるから
これってカテゴリー的になんなん？と

64 ：

そういえばウイルスってどの段階で誕生したんだろうな
ウイルスはそれ自身では自己を複製できず他の細胞にとりつく事で自己複製をさせてるわけだから、少なくとも細胞を持つ生物が先に出現する必要があるしな
そう考えると生物が誕生して生物からウイルスに進化した可能性もあるわけか

65 ：

>>63
生物を構成するパーツのひとつ、かと

66 ：

>>63
精子の親は精子ではない？
人間の個体をただの「中間段階」とみなせば
精子の親は精子だよ。
より正確には精子と卵子だが。

67 ：

胞子体の方が一時的でメインが配偶体の生物だとまさにそんなかんじだね。

68 ：

遺伝情報こそ生命体の本体そのものであって
それ以外は「遺伝情報の乗り物」説ですか

69 ：

>>63
精子ですら生物でないというのであればそりゃウイルスもそうだろうや

70 ：

>>69
で
火星や金星に精子やウイルスがいても無生物状態だといっていいんだな？

71 ：

自己複製できなきゃダメよ。
代謝の一部くらいなら、寄生性の生物でも
分かるが、ウイルスは依存しすぎ。
栄養満点でも他者の装置を要するもんね。

72 ：

ウイルスが生物になるとポケルスもポケモン化しないといけなくなるな

73 ：

何かに依存しないと、子孫を残せないから生物じゃないというのは
生物の条件としては厳しいな。
寄生虫の類は、特定の宿主がいないと子孫を残せないし
高度な生物でも、適切な生活環境がないと子孫を残せないものを多い。
ウイルスは最初は独立して生活していた原生動物が、
寄生体の細胞の構造を利用するように進化した結果
単独で生殖できなくなったというのが一番ありえそうな考えだな。

74 ：

キムチ食べる奴は男女関係なく、くっさいくっさいぞ

75 ：

中国・朝鮮・ロシア向けの生物兵器を開発すればいいのに。

76 ：

案外、ウィルス自体は自然発生的に生まれてるのかもね

77 ：

ウィルスは単系統でなくて、何度も既存の生物から分離してきたのかもなあ
などとたまに考える

78 ：

精子って生物じゃないよな

79 ：

人もミトコンドリアに寄生してもらわねば生きてけない訳だが

80 ：

>>79
ミトコンドリアは寄生というより奴隷なんだよ潜り込んだというより食い残しで体内に入って
代謝は自力なのに分裂制御を核にやられてる状態なんだから。

81 ：

ミトコンドリアは細胞内で分裂して数が増減するのか
細胞分裂時に数が増えるゴルジ体などとは別物ってことなんだな
これってその細胞の核にはミトコンドリアの情報が全く書き込まれてないってこと？
それともミトコンドリアの存在に”配慮”するような情報を持っているのかな

82 ：

と思ったら丁度いいタイミングで答えとなるレスが来た
トンクス

83 ：

てか、ミトコンドリアのない細胞って　どんな生物？
相当効率悪いだろうに？　ってか生きてけんの？

84 ：

>>83
真核生物でってことだよね？
Giardiaとか
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AB%E9%9E%AD%E6%AF%9B%E8%99%AB
細菌など原核生物にミトコンドリアがないのは当たり前

85 ：

あのさ、このスレッドで意味わかったやついるの？
訳が惨すぎ。(゜-゜)努力は認めるが努力したからといってもね

86 ：

これさ、４年前のこの記事のパクリというか再掲だよね
http://www.nationalgeographic.co.jp/news/news_article.php?file_id=81374257&expand#title

87 ：

ウイルスが、生物でないタンパク質に働きかけて
それを細胞生物として完成させたという可能性はないの？

88 ：

>>5
よくわからん。
ただ、ウイルスだけが進化の原動力である
という本は100パーセントトンデモだと言いきれる。
従来の自然選択説に、変異原の一つとして
ウィルスによる水平伝播も加えるという程度なら
ありえるんじゃないか。
まだ読んでないけどな。　破壊する創造者。

89 ：

ママウイルス
ミミウイルス

90 ：

複雑だから生物だってんなら、タンパク質は生物か？　という話もあったな。

91 ：

原始的生物　→　ウィルス　が最有力の仮説？
生物の遺伝子の一部が暴走して
ウィルスとして独立、みたいな仮説は成立しない？

92 ：

精子＋卵子→人間→精子＋卵子→人間→精子＋卵子→
こう考えると、
人間が精子と卵子を使って子孫を残しているともいえる。
しかし、精子や卵子が人間を使って子孫を残しているともいえる・・・。

93 ：

生物とは「形あるもの」ではない、というのはわりとよくある共通認識
生命を「ネットワーク」として定義してみるとおもしろいかも
電源の入ってないコンピュータは「電子部品の塊」ではあるけれども「ネットワーク」ではない
自己境界の維持や継代をしていない状態の生物は「タンパク質の塊」ではあるけれども「生命」ではない
一般的な生命が、通電したままのサーバ機のような存在なのに対して
ウイルスは電源入れたり、切ったりするPCのような存在。電源落としている状態を観察すると、とても生命にはみえない

94 ：

>>76
あっさり自然発生説キター

95 ：

>>63
１、オタマジャクシの親はオタマジャクシではない(カエル)
２、オタマジャクシは子孫を残さない

96 ：

「文明都市群は人間が自分たちに都合がいいように作り上げたもので
人間が都市に寄生しているのではない。
同様に、ウィルスは寄生しているのではなく、
ウィルス群が自分たちに都合がいいように
作り上げてきたのが生物界である」

97 ：

>>94
有機の実験していると化学進化論はあり得ると感じる。

98 ：

>>92
話は違うんだけどセミは7年幼虫の姿で地中にいて、地上に出て羽化した後は数日〜数週間で死ぬ。
我々は地上に出たセミの姿こそ「セミ」と思ってるけど、あれは純粋に生殖のためだけのものであって
セミの人生（セミ生）はどう考えても幼虫時代がメインなんだよな。
単に過ごす時間が問題じゃないというのなら、人間の場合も精子や卵子がメインと考えたって
いいじゃまいかと思わないでもない。

99 ：

コケ植物というのがあってだな

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